令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
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灵州九国由天子掌管，已历千余年。灵州地脉善生玄气，被天下方士视为修行法源，并衍生出玄术法门。八大诸侯则各领一方国士，拱卫天子。此时帝霈为第八代天子，依照天权统御九国，手中藏有上古神明传下的玄机法卷。 盛元十一年，灵州祖脉扶桑树无故枯萎，天子暴政也令天下动荡不安，最终八大诸侯组成联军掀起“九郢之乱”，推翻帝霈，火烧望帝城，九国分裂，各生壮心，但各方诸侯制衡，皆不敢擅自为主，只得推选皇族帝浚登位，实则为傀儡王权，但也因此，望帝城反成自由之土，列国皆可自由出入。 自此天下大乱，群侯明争暗斗，神秘教派“天机教”趁机崛起，欲有所作为。而天下纷争，方士学派各立门户，依附于八大诸侯及皇权，割据之乱愈演愈烈，但因玄兵灭国之术九国皆同，势均力敌，一时之间并未有灭国大战，直到一个方士弟子的觉醒，竟掀起一场更大的风波…… 少年侠客玄奇在调查一宗江湖奇案时，意外结识木瑄、风灵玥、丹朱等少年英侠 ，几人不同的命运交织，偶然解开了灵州大陆上古遗留的文明之谜，并共同踏上寻找灵州列国动荡源头之途。
