神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
百年前，一代战神叶轻云横空出世，碾压各路天骄之子，令敌人闻风丧胆，却不料被妻子洛灵，兄弟狼十三背叛，陨落十魔深渊！百年后，各界进入黄金时代，妖孽人物疯狂涌现！叶轻云成为了八荒大陆中小小家族叶家的废物弟子！命运逆转，逆天改命！这一世我
有人说，世间是一个大苦海，人在海中，肉身是船，魂是船里的人，驶向彼岸。 春秋鼎盛的大乾王朝国运昌盛、四海宾服，然而强盛的表面之下暗流已然涌动，远敌近邻虎视眈眈，八大妖仙蠢蠢欲动，武温侯洪玄机权倾朝野，太上道主梦神机监察天下。 在这样一个大争之世里，少年书生洪易向着世道，发出了第一声质问。洪易是当朝第一权臣洪玄机与太上道上代圣女梦冰云之子。幼年丧母，身为庶子，处处受人欺压，但是这不能阻挡洪易求学之心。机缘巧合之下，洪易踏上无比艰险的武道双修之路，在命运的压迫下奋起反抗，挫败了重重强敌，成为一代传奇。
主要讲述了平衡的九重天崩陷为九大天锥降临世界各地，无数人类被吸入其中。九重天的守护神被邪恶力量侵蚀控制，肆虐地球。为解除危机，神兽战队艰难与之抗争，希望得到希望元神的认可，历经奇幻冒险和重重考验，打破黑暗军团的阴谋，最终修复九重天，拯救了人类和地球。
