故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
时值19世纪末，大不列颠盛世的伦敦—— 莫里亚蒂伯爵家长子‧艾伯特非常厌恶深植于这国家的阶级制度。而在结识了家中从孤儿院收养来的一对兄弟后，他决定推动净化世界的壮阔计划。名侦探夏洛克‧福尔摩斯的宿敌·莫里亚蒂教授背后不为人知的故事正式揭幕！
某个傍晚时分，修伊（小野大辅 配音）和丹特丽安（泽城美雪 配音）在山林间艰难前行，寻找幻书。丹特丽安饥饿劳累，拒绝行走，撒娇要求修伊背她行走。正在此时，他们遭遇附近村庄的美丽草药师塔莉亚。塔莉亚盛情将二人邀请到自己家中，端来好吃的面包和咖啡。在此期间，修伊提起了此地的领主约翰•卡波拉斯一家人死于大伙的事件，并且对卡波拉斯的女儿弗罗伦丝是否引起大火提出质疑。村民们警告修伊和丹特丽安不要接近危险重重的森林和卡波拉斯家的城堡，可是为了传说中的幻书，二人还是朝着城堡前行，等待他们的将是…… 本片根据三云岳斗的原作改编。
原作史上最炽热璀璨的经典篇章——“吉原炎上篇”，将以完全新作之姿登陆大银幕。
汉朝末年，董卓挟天子以令诸侯，战神吕布为其征讨，四方群雄并起。而大势决断，竟尽出一家之手，水镜门下八奇，谋冠天下。就在此时，一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代，牵出群英纷争，乱世无常……
