在熏风高中上学的纯朴少年小山田耕太，迎来了来到城市后的第一个暑假。 这也是和学园的园花、也是狐妖的源千鹤交往后的第一个夏天。 浑身洋溢着轻松感的日子——耕太和千鹤，还有伙伴们，接下来将会有怎样一番经历呢？
八万年前，一代至尊星辰大帝被自己的妻子红尘仙女暗害而亡；八万年后，大帝神魂意外重生在了清风帝国天星学院的废物杨尘身上。然而原主的身世卑微，不过一介家仆之子，一直被家中大少爷欺压。继承原主因果的杨尘，借炼丹师上门主家做客之机，以大帝的底蕴眼界，开始在炼丹师群体中刷新声望，借力打力，为自己撑起了初期的庇护网。 立足稍稳的杨尘，为了体会八万年的世间变化，起初仍蛰伏在天星学院中默默提升实力。不过十分巧合地，他发现自己的同学中，居然有八万年前义子的孙辈。在辗转与义子相认，了解到八万年的世间种种后，杨尘坚定了向红尘仙女复仇的决心。决心独自踏上复仇之路的杨尘，为了不留下遗憾，开始以天星学院为起点，横扫帝国的沉疴痼疾，为自己此世的亲朋创造一个稳定和谐的家园。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
