全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
城市的一角，有家白熊咖啡厅。经营他的主人自然是白熊（樱井孝宏 配音）。客人从人到动物，无所不有。其中的常客当属熊猫（福山润 配音）和企鹅（神谷浩史 配音）。他们时常坐在吧台边，边喝咖啡边说着新鲜事。 熊猫在动物园做兼职，爱好是打滚吃竹叶，希望整日都可以懒懒散散的，害怕被妈妈用吸尘器吸。企鹅先生暗恋面包店的企鹅小姐，为了有朝一日带其兜风学了驾照，酝酿着告白，殊不知告白后的惨状。白熊时不时插上冷笑话，故事多多，难辨真假。除此之外，白熊咖啡厅里还有总被人忽视的羊驼、开酒吧骑机车的灰熊、打工的笹子小姐、动物管理员半田先生以及熊猫控的花店老板林林……大家围绕着白熊咖啡厅，上演着萌点满满的治愈系故事。
こんな未来があったらいいな、と思わず言いたくなるような近い将来のとある港町――萌桜町。 町の顔ともいえる電子機器メーカーの大手ＡＭＢカンパニーが、動物によるアニマルセラピーならぬ 美少女アンドロイドによる萌えセラピー効果を狙いとした新サービス、『萌えＣａｎちぇんじ！』をスタートすることが発表され、 おおいにわき返る町の一角でその広報を担当する、通称「ナビ嬢」に選ばれた喜屋武知恵と萌木杏奈は今日もリハーサルに励んでいた ――といってもノリノリなのは知恵だけだったが。そんな二人の仲睦まじい（？）様子を物陰から伺う人影が。 不思議な力を発揮するスマートフォンや食べたらびっくりのケーキ屋さんに迷いこんじゃったりと、 二人のまわりでは次々とトラブルが巻き起こっていく。裏で暗躍する（？）謎の二人組もいて…… 人気携帯ゲーム『萌えＣａｎちぇんじ！』の世界観を、キャラクターたちのひと騒動を通して描くフレアイパワフルコメディＯＶＡ。 ──世界は萌えで変革する──
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
