沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
医者行于天地，可选前途有二：一者精研学问，著书立传，以供后世瞻仰讲学；二者泽被苍生，救死扶伤，妙手留存万千性命。前者安，后者危。前者从医道，后者尽医心。 究竟是安于一隅，以求医道传世，还是奋不顾身，加入时代浪涌？她的心，究竟指向何处？
『间谍过家家』第2季动画最终话结尾预告「SEE YOU NEXT MISSION」
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
主要剧情围绕着基甸的慢生活，基甸在边境城市隐姓埋名开了一家药店，遇到了曾经帮助过的亡国王女，现在已经是冒险者英雄莉特，两个人抛开了其它牵挂在这里隐居。基甸每天负责做药和外出采药，而莉特则会帮忙看店以及偶尔出去一起采药，有着过人实力的他们想在这个小城轻松的生活并不是什么难事。
