在1999年，一艘外星宇宙战舰坠落到了地球，人们用了了十年的时间修复并取名为"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在举办一场偶像歌星林明美（饭岛真理 配音）的演唱会，突然空袭警报响起，要塞开始了变形。战斗中，一条辉（长谷有洋 配音）驾驶着变形战斗救下一名少女，战机却由于速度过快撞进外层舱室。安定后，辉发现救得是林明美。俩人相识后，为使明美高兴，辉偷开教练机带着明美去兜风。敌人趁机出现，好在朋友这时挺身相救，经过一场混战，辉和早濑未沙（土井美加 配音）醒过来，发现在一个荒芜的星球上。他们了解到，五十万年前，一个叫"普罗多"的古代文明发展到顶盛时，已经可以借遗传密码无性繁殖后代，于是国家分裂为由男性组成的"杰特拉帝"和由女性组成的"赫而特兰帝"开始了长达数万年的战争。在战争中文明急剧衰退了，曾经伟大的文化被遗忘殆尽，退化成了只会战斗的种族，为了维护和平，他们将会采取怎样的行动…… 《超時空要塞》是1982至83年间播出的一部电视动画，本片在其基础上精简改编而成。
为了拯救陷入能源危机的玉兔村，玉兔村村长派出兔子白枝去往人类社会寻找失踪多年的嫦娥娘娘，初到人类社会并不了解人类生活习惯的白枝处处碰壁，无意中白枝碰到了人类的小孩小中并从流氓手中将其救下，为了报答白枝，小中将它收留到自己家中。 之后，白枝在玉兔村的伙伴——绿枝和灰枝都纷纷来到人类社会帮助白枝完成任务。他们几位的突然到来给小中一家带来了欢乐与惊喜。 但是危机正在等待着他们。白枝的哥哥黑枝也正带着他那群邪恶的朋友们，在人间寻找着嫦娥娘娘，想要吸收天月的力量。 一场正邪之间的战斗渐渐拉开序幕……
