濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
以传奇杀手坂本太郎为主角，金盆洗手的他与亲爱的家人平静度日，没想到有刺客接连来袭，幸福家庭生活恐将好景不常。这下子坂本太郎必须与伙伴联手，守护他的幸福日常。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
大家第二学年的故事
太古时期，天庭部将帝释天弑杀天帝，篡得大权。为弭除异己，他对修罗王一族展开无情屠杀，只有年幼的阿修罗侥幸逃出。夜叉王、龙王、迦楼罗王护送阿修罗一路逃亡。预言中摧毁帝释天恐怖统治的六星逐渐聚集，势将成为灭天之破。为了阻止六星集结，帝释天命令天军将阿修罗一行引至夜叉王的故乡。原来这里隐藏着一个连夜叉一族都有所忌惮的怪物，帝释天打算假其之手摧毁六星。如今，夜叉族的土地已成荒原，众人暂时栖息于此。入夜，神秘的蝴蝶出现，开始袭击夜叉王一行，他们陷入空前的危机之中…… 本片根据CLAMP的同名原著漫画改编，系该动画的OVA版。
