一个身怀绝技的少年，没能通过遴选走上修真者之路，就在他调整好心态，接受这一事实的时候，几颗神秘的骰子突然出现，他突然拥有了神奇的能力，更被赋予重建神族的使命，少年的人生由此改变。
在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
七濑武（宫野真守 配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央 配音）。 让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美 配音）、同班同学伊田一三（铃村健一 配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。 飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。 结尾画面和结尾语亦为本作之特色，各故事皆有结尾画面和结尾语。大部分的结尾画面为飞天小女警三人，结尾语通常则是“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”但前两者并非每集皆一成不变；较可能出现的会是解决该集纷争最有助力的人、事、物，而也并非绝对单一个体（也可能复数）。
