乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯······
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
旭丘分校的学生只有5人。即使学年和性格都各不相同，也总是在四季变换中一同享受着乡村生活。某天，旭丘分校的众人在百货店的抽奖中抽到了特等奖冲绳旅行券。于是，大家利用暑假时间前往冲绳……
八坂一（三瓶由步子 配音）是一个普通的少年，每年夏天，他都要借宿于祖父位于海边的老宅。这一年是注定不平凡的一年，在方舟咖啡馆里，阿一遇见了令他一见钟情的女子——岚山岚（白石凉子 配音）。岚亮丽的外表和开朗的性格吸引着阿一的注意，但更重要的是，当阿一和岚的双手相触之时，他们居然穿越回了古代的日本！ 原来，岚的实体在二战时期早已死去，现在出现在阿一面前的，是一种被称之为“幽灵体”的存在，当幽灵体遇到了特定的人物时，便能够激活其穿越时间的能力。在咖啡馆里，越来越多的幽灵体聚集在了一起，在她们对于往昔的思念和忧伤之中，岚和阿一发展出了一段超越了时空的爱恋。
