在科技发达的未来，网络上流传着一种真假不明、被称为“全息幽灵”的奇怪现象。 初中一年级的天之河宙，启动了父亲留下的“数码暴龙机”开始能看到大家看不见的未知生物“数码宝贝”......
大千世界，无奇不有。 骊珠洞天中本该有大气运的贫寒少年，因为本命瓷碎裂的缘故，使得机缘临身却难以捉住。基于此，众多大佬纷纷以少年为焦点进行布局，使得少年身边的朋友获得大机缘，而少年却置身风口浪尖之上…
故事发生在白玉中学之中，懒懒散散的三岛木洋（松本忍 配音）是软网社的顾问，虽然表面看来其貌不扬，但实际上，他曾经是获得过全国冠军的天才击球手。伊丽莎白（矢作纱友里 配音）是来自英国的留学生，曾因为三岛的影响而选择走上了网球的道路，如今，她作为留学生追随三岛来到了白玉中学。 活泼开朗的春风明日菜（伊藤加奈惠 配音）、对运动有着满腔热血的泽夏琴音（喜多村英梨 配音）、柔情似水温文尔雅的秋山千岁（伊藤静 配音）、拥有健康肤色沉默寡言的冬川来栖（明坂聪美 配音），在这些可爱社员的围绕下，三岛的日常就此拉开了序幕。
时间缓缓流淌，16岁的东京少女松前绪花（伊藤加奈惠 配音）在外婆（久保田民绘 配音）经营的温泉旅馆喜翠庄度过了一段快乐而难忘的时光。石川县迎来秋高气爽的时节，和仓结名（户松遥 配音）被福屋老板娘拜托来到喜翠屋修行，这个快乐外向的女孩令这里增添不少的生气。结名在打扫时不小心弄乱存放杂物的房间，绪花赶来收拾时，偶然发现了一本豆丁爷爷的日记。令她颇感意外的是，里面记录了母亲皋月（本田贵子 配音）年轻时候的叛逆经历，以及她在十数年前与外婆争吵、和绪花的父亲邂逅的往事。 本片为P.A.Works公司成立十周年原创纪念作品，是同名动画片的剧场版。
