在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
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学生会长国齐（鸟海浩辅 配音）虽然外表平凡，却很受一部分男性欢迎，经常遭色狼乱摸，然而他个性迟钝，从来感受不到身边男性的热烈目光和骚扰。被任命为新一任的学生会副会长的知贺（杉田智和 配音）在电车上解救了正被非礼的国齐，他发现国齐的身边真是危机四伏！忍无可忍的知贺从此担任起了会长大人的保镖，护送会长上学。在放假期间，知贺与国齐约好一起去理发。一个小小的突发事件，让知贺发现了自己对国齐学长的感情，并情不自禁地吻了国齐。这个突如其来的吻让国齐慌乱不已，他迷迷糊糊地回家，脑中不断想起刚刚发生的那一幕。当他入睡后，一个神秘人悄悄潜入国齐家……
