东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。 迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。 如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。 动荡的第3学期即将拉开帷幕！
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
