《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
本片讲述了心地善良的皇女艾丽婕为了救伙伴从天界跌落到了海底世界阿拉德大陆，由此经历了一系列令她快速成长的冒险事件，并收获了亲情与友谊。最终她克服重重困难，战胜了怯懦，勇敢背负起最高祭司的责任，成长为人人爱戴的天界女皇。
