库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Little jijikb.com Busters！”的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友还在募集中…”为由伸出援手。就这样开始了和库特一起度过的暑假，这给他们带来了各种各样的新任务。理树和库特最后得到的东西是......？
一个是出门不带脑子，智商时常不在服务区的未成年笨蛋女孩，一个是思维能力爆表，有材料就能制造原子弹的冷面技术宅，本身不可能在同一个世界的两人，一个为了摆脱智障的帽子，一个为了不去自己不喜欢的地方居住，破天荒的组合在了一起，为了在高考证明自己而求师的米栗，为了赶走她自己享受清静而各种套路的百曳，两人在各种争执中反而向另一种方向发展开来？
