三年之约后，萧炎终于在迦南学院见到了薰儿，此后他广交挚友并成立磐门；为继续提升实力以三上云岚宗为父复仇，他以身犯险深入天焚炼气塔吞噬陨落心炎……
灵州九国由天子掌管，已历千余年。灵州地脉善生玄气，被天下方士视为修行法源，并衍生出玄术法门。八大诸侯则各领一方国士，拱卫天子。此时帝霈为第八代天子，依照天权统御九国，手中藏有上古神明传下的玄机法卷。 盛元十一年，灵州祖脉扶桑树无故枯萎，天子暴政也令天下动荡不安，最终八大诸侯组成联军掀起“九郢之乱”，推翻帝霈，火烧望帝城，九国分裂，各生壮心，但各方诸侯制衡，皆不敢擅自为主，只得推选皇族帝浚登位，实则为傀儡王权，但也因此，望帝城反成自由之土，列国皆可自由出入。 自此天下大乱，群侯明争暗斗，神秘教派“天机教”趁机崛起，欲有所作为。而天下纷争，方士学派各立门户，依附于八大诸侯及皇权，割据之乱愈演愈烈，但因玄兵灭国之术九国皆同，势均力敌，一时之间并未有灭国大战，直到一个方士弟子的觉醒，竟掀起一场更大的风波…… 少年侠客玄奇在调查一宗江湖奇案时，意外结识木瑄、风灵玥、丹朱等少年英侠 ，几人不同的命运交织，偶然解开了灵州大陆上古遗留的文明之谜，并共同踏上寻找灵州列国动荡源头之途。
“秘密结社如月”眼见征服世界的目标即将实现，为了扩大版图，将战斗员六号作为先遣部队派遣至新侵略地，但他的各种行动却让干部们伤透脑筋。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
