清水凑（上村祐翔 配音）曾经是一名水球运动员，但由于一场意外的发生，导致他在初中三年级的时候决定放弃水球这项深爱的运动，升上高中后，凑在阴差阳错之下结识了名叫冈荣太郎（西山宏太朗 配音）的男生。荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？ 事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。
女主历经三世，第一世，初见男主，便情根深种，不顾父兄反对，执意嫁给男主，初来乍到，在森严的京城中显得格格不入，少女情怀，只想在男主面前表现出美好的一面，反而丧失了自我，在深宫中，看着男主周旋于众多女子之间，郁郁而终。第二世，重生后，因着对男主的执念，使女主再次选择嫁给他，只是这一次，她不再被动，也不再忍耐，仗着强大的家势，扫除一切靠近男主的人，只是男主看似重视她，实则只是忍耐，她并未了解真正的男主，所以得到了惨痛的教训，满门抄斩！她在最后一刻，终于死心，也终于放下。
タイトルには魔法少女とあるが魔法少女アニメではなく、魔法少女であるくるみが敵と戦う様子をただ傍観している男子中学生3人を主人公としたギャグアニメである。公式のジャンルは「魔法少女傍観系ギャグアニメ」。 アニメ本編は隔週で配信されており、本編の翌週には声優陣によるオーディオコメンタリー番組「せいぜいがんばれ！魔法少女くるみの中の人」を10分枠で配信。
