上个世纪上海法租界一所西式洋房里，最初住着一户姓林的人家。30年代初，林家败落，房子被有心人买下，改建成一所妇产医院，在这所医院里，发生了许多故事。50年代初，新中国成立，这座洋房又成为工厂车间，工作和来往着工人、技术人员等。90年代初，这所老洋房成为商住两用房，来来往往的人们又发生了新的故事。
一封举报沧海市著名企业巨轮集团掩盖当年矿难真相，使得副局长曲江河（潘粤明 饰）成为这场打黑除恶战役的焦点人物，他介入调查的时候，才发现现实中黑白之间的阵线已然没有泾渭分明的界线，出于各种利益需要，他的对手和他的朋友，乃至他的上级都要求掩盖事实的真相，而新到任的女局长严鸽（陈数 饰）也没有想到现实是如此残酷和壮烈……掩盖是比罪恶本身更大的罪恶。
本剧改编自同名漫画，讲述了了作为经营非法工具的“工具商”踏入池袋地下社会的不起眼大学生，在黑道、半腐败集团、中国黑手党等非一般坏人中间生存的样子，时而幽默，时而紧迫的新感觉犯罪悬疑故事。
《最后的99天》取材于真实的历史事件，讲述了解放前夕，在距新政协预定的会期还有99天之际，上海地下党为了争取并掩护民主人士北上参加第一届新政协会议，一对同父异母的兄弟即共产党人肖昆和国民党军官肖鹏之间，展开殊死搏斗的故事。
