在里加甸魔法学院学习的威尔‧赛尔佛特，是个无法使用魔法、所有「术科」学分通通得不到的「无能者」；但他却靠着「学科」的学分努力升上魔法学院的最高年级──驱使他这么做的，是小时候跟初恋对象爱尔法莉亚的约定！在这受到「大结界」保护的世界中，没有人亲眼看过「天空」，因此年幼的他们约定好要一起爬到魔法师之塔的顶端看真正的夕阳……为了追上成为「至高五杖」的爱尔法莉亚，天生的「战士」威尔只能拚了命地往上爬！
由于父亲欠下了一屁股债人间蒸发，无家可归的女儿桃园奈奈生（三森铃子 配音）只得流浪街头。在这途中，奈奈生帮助了一位被恶狗追逐的男子，男子告诉奈奈生自己名叫御影（石田彰 配音），而在得知了奈奈生的遭遇后，他意外的提出将自己的住处让给奈奈生。一间荒芜的神社——这便是御影所说 的住处，奈奈生自觉上当，却也没有别的地方好去。更令她吃惊的是，御影竟然是神社的土地神，而如今，土地神的头衔，自然也随着住处转嫁到了奈奈生的头上。 莫名其妙的成为了土地神，而身边又出现了称她为“主人”的神使巴卫（立花慎之介 配音），奈奈生还未搞清楚状况，各路个性可爱又调皮的神灵就接二连三的降临到了她的身边。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
故事发生在一座名为欧拉丽的繁华都市之中，这座城市的地下有着极其庞大复杂的迷宫，人们称之为“地下城”。某日，少年贝尔（松冈祯丞 配音）遇见了名为赫斯缇雅（水濑祈 配音）的少女，一直想要成为冒险者的少年同一直在寻找眷属的少女，两人一拍即合，结伴展开了精彩绝伦的冒险。贝尔一直相信，在地下城中，他将会邂逅自己命中注定的女主角，于是，这一天，在生死存亡之际，一位名叫艾斯（大西沙织 配音）的冒险者出现在了他的面前，着戏剧性的一刻让贝尔立刻就坠入了爱河。除了贝尔等人，同样活跃在冒险前线的还有拥有超高智商的少女莉莉露卡（内田真礼 配音）、铁匠韦尔夫（细谷佳正 配音）和剑客大和命（赤崎千夏 配音）等人。
《游戏王》动画版，首先于1998年4月4日在日本的朝日电视台播放，共有27集，于1998年10月10日完播，是真正意义上的第一部游戏王动画。主要讲述漫画前期的黑暗游戏（闇のゲーム)，直到第一次打莫良RPG为止，声优阵容超强。
