藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
喜武屋七叶，一个活泼的女中学生。奶奶在冲绳岛上经营有着独特风味的冲绳荞麦汤面店。千叶酱和作为高中校花的姐姐七绪，以及有着很强神佛灵感的小学生妹妹心七居住在一起。某一天，那个用咒文封印着喜欢在细叶榕树林中居住的树之精灵的瓶子，却被打开了盖子。出现在七叶面前的是有着可爱小女孩身姿的精灵妮娜。还有同是树之精灵的拉娜，以及化身为凶恶狮子的伊娜也先后出现了。就这样，本应过着悠闲和睦生活的千叶酱，被不可思议的卷入了精灵们带来的波澜之中……
