省吾達の帰還から数百年が経った時代。人々はコンピューターシステムに支配された街「エデンシティ」で暮らしていた。それは、かつての人類の過ちを繰り返さない為に取られた手段だった。しかし、その支配を嫌ったレジスタンスによる反攻作戦が開始される。 そして明らかになった支配者ウォン・ダイの正体は、あの矢作省吾だった。地球に帰還した際、彼を7Gのオペレーターと認めなかったクリエーター達は、バーチャルではなく人間であるオリジナル・イヴと彼との接触を恐れ、システムの操り人形ウォン・ダイと化してしまったのだった。 省吾はその支配から開放された直後、後を本作の主人公であるエイジ・タカナカに託して死んでしまう。それを知ったイヴは単身、A.D.A.M.へ向かう。人々を救う為……。
仗义友善的瓢虫父子Cox和Junior为帮好友黑蚂蚁Mandible逃脱红蚂蚁的堵截，不幸从冰天雪地的法国流落至夏日炎炎的南美加勒比。他们用自己的勇敢、机智逃脱了热带雨林里螳螂及蜘蛛的魔爪，并结识了当地瓢虫，并与毛毛虫共同协力赶走了入侵他们家园的人类。与此同时Junior的勇敢也是它收获了爱情，希望留在美丽的加勒比。面对父子分别， Cox和Junior将会做什么样的选择呢？
