在这个世界上，存在着一种名为“怪灵”的生物。故事发生在弗塞亚学院之中，在那里，设立了名为“脑机能异常对策室”的机构，专门解决怪灵带来的危险和麻烦。一条晴彦（下野紘 配音）是一年级新生，亦是对策室的成员，他拥有能够使用绘画封印怪灵的能力，是足智多谋的军师。 川神舞（上坂堇 配音）是一条晴彦的学姐，个性开朗行事冲动的她常常惹出不少的麻烦，和晴彦组成了搭档相互取长补短居然格外的般配。除此之外，温文尔雅的千金大小姐和泉玲奈（早见沙织 配音），特立独行的孤高展示水无濑小系（内田真礼 配音），这些孩子们集结在一起，为了保护他们挚爱的朋友和家园向怪灵发起了宣战。
Out at sea, the campers see sunny skies - then discover a stowaway on board. A surprise attack from the deep leaves them stranded on unfamiliar shores
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
卑微家奴方寒从小抱着“宁做乞丐，不为人奴”的信念，凭借一己之力纵横天地之间。他靠着一股不服输的倔强突破神通的奥秘，将肉身锻成永生之躯。努力一步步踏入仙道，最终成为巅峰王者。
网游荣耀中被誉为教科书级别的顶尖高手叶修，因为种种原因遭到俱乐部的驱逐，离开职业圈的他寄身于一家网吧成了一个小小的网管，但是，拥有十年游戏经验的他，在荣耀新开的第十区重新投入了游戏，带着对往昔的回忆，和一把未完成的自制武器，开始了重返巅峰之路。
常夏の孤島・青藍島（せいらんとう）。 この島に生家のある橘淳之介は、両親の死をきっかけに 妹・橘麻沙音と共に帰島することになった。 しかし青藍島は人口減少に待ったをかけるべく施行された ドスケベ条例によって、島中どこでもドスケベセックスが 許可・推奨されており、「性産的行為」を拒否すると 犯罪に等しい処罰を受けることになってしまう狂気の島であった。 誇り高き童貞にして処女厨であった淳之介はこの条例に疑問を持ち、 自身と愛する妹の純潔を守るべく、 反交尾勢力・NLNS(No Love No Sex)を立ち上げ、 ドスケベ条例の破壊を目指して動き始める――！ 「俺が…ドスケベ条例をぶっ潰す！」
