千金小姐吉儿遭到太子以莫须有的罪名悔婚并宣判死刑。就在临死之际，她竟重生到了10岁时订下婚约的那场派对！ 为了免于走上悲剧结局，她紧急向身后的人求婚，不料对方却是前生最大的敌人，也就是邻国（即将）入魔的皇帝·哈迪斯。 驰骋战场的军神大小姐在此刻重启人生！
一位平凡的青年，在一场可怕的交通事故中丧生，误打误撞下竟然转生来到了异世界里，并被一位自称是贤者的法师梅林（屋良有作 配音）给捡回了家，梅林给这个孤零零的孩子取名为西恩（小林裕介 配音），开始教授他使用魔法。 一晃眼15年过去了，西恩从一个嗷嗷待哺的婴儿成长为了有为青年，名师出高徒，在师父严厉的教导之下，西恩已经拥有了非常强大的力量。当西恩决定进入亚尔斯海特高等魔法学院继续深造之时，梅林才发现，这么多年来，他一直只教西恩魔法，竟然忘记了规训他的常识，这也就意味着，西恩即将在对常识一窍不通的情况下进入学校和同龄人们开始集体生活。
在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
