传奇黑客为拯救人类被系统AI追杀身死，意外成为异界第一宗门的宗主，但为了应对宗内全是卧底的局面和随身而来的系统危机，陈宁只想低调的再观望看看。但如锥处囊中，纵使他冷面无双心系世人，也是万花丛中过，朵朵都沾身，最后在系统代理人姜雀的帮助下，陈宁王霸之躯一抖，敌我双方纳头便拜！世界隐秘争先恐后对他打开，最终破解灭世危机。
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。 美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。
Heroine（名冢佳织 配音）只是一名普通的少女，在8月1日这一天，醒来的她发现自己竟然失去了所有的记忆，在慌乱之中，一个名叫Orion（五十岚裕美 配音）的精灵出现在了她的面前，精灵告诉Heroine自己被困在了她的内心里，只有当Heroine找回了自己的记忆，他才能够重获自由。 就这样，仅仅凭借这手机中储存的一个名字，少女踏上了寻找记忆的旅途。表面冷淡但实际上十分热心的Shin（柿原彻也 配音），具有独特魅力的Ikki（谷山纪章 配音），天才数学家Kent（石田彰 配音），温柔又可靠的Toma（日野聪 配音）等青年接连出现在了她的面前，每个人都在用各自的方式指引着Heroine前进，而终点之处，又是什么在苦苦守候呢？
