健二和雪希是情同手足的兄妹两，日和是两人青梅竹马的好友，三人常常聚在一起打发空闲的时光，留下了十分美好的童年回忆。然而，某一天，日和突然不告而别，没有留下任何联系方式，也没有告诉健二和雪希自己要搬到哪里去。就这样，日和仿佛蒸发了一样从兄妹两人的生命轨迹中消失了，两人关于日和的记忆也随着时间的流逝而渐渐淡去。 一晃眼多年过去，健二和雪希都考上了高中，即将开始洋溢着青春气息的高中生活。一天，健二房间的衣橱里发出了奇怪的声音，让健二没有想到的是，打开衣橱后，里面躲着的竟然正是日和。和他的突然消失一样，日和突然回到了健二和雪希的身边。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
300年前，沿海居民不堪忍受外来殖民侵略者的压迫与搜刮，组成海盗与殖民者作战。海盗们将殖民者的财宝抢来埋藏在一片神秘海域，传说堆积如山的财宝光芒闪耀，变成美丽的彩虹，从此海盗和他们的宝藏以彩虹而闻名。自称彩虹海盗后人的海狸波波（谢元真 配音）将传说编成故事说给海底居民们听，结果引来了寻找财宝不成的海马家族以及凶狠神秘的独眼鲨（谭满堂 配音）。危急时刻，波波得到小潜艇阿力（范楚绒 配音）的救助。他们带上小潜艇贝贝（洪海天 配音）以及海马家族，踏上了寻找彩虹宝藏的旅途。 浩瀚无垠的大海尽头，等待这群冒险者的将会是什么？
黒の地平を旅立ち、 次の大陸めざし航海していたビィトたちは 新たなる敵『魔牢獄の獄長バウス』の攻撃をうけ、 地図にのらない幻の大陸に漂着する。 そこには、 天撃を使う人々の暮らす町シャンティーゴがあり、 ビィトたちは暫くこの町で暮らすことになる。 シャンディーゴの領主の息子であるリオンは バスターになることを嫌い、 いつも、家出のチャンスをうかがっていた。 そんなリオンと出会ったビィトたちは リオンが秘めている謎の力、天力陣に助けられ バウスのあやつる囚人ヴァンデルたちと激しい闘いを繰り広げる。 リオンに興味をもつバウスの狙いとは？？ リオンのもつ力とは？？ ビィト戦士団とリオンの出会いが新たな冒険の扉を開く！！
