在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
平凡的女高中生神无希（Lynn 配音）出生在贫困的家庭之中，为了能够赚钱补贴家用，身为体操运动员的她决定参加一项名为“竞女”的比赛，女孩子们身着泳装，搭载着漂浮在水面上的泡沫板，以自己的身体为武器，依靠撞击或推搡来使对手跌落水中，获胜的选手将获得巨额奖金。 竞女的世界里充满了激烈的竞争。冷静成熟的宫田纱耶香（市道真央 配音）、内向腼腆的青叶风音（本渡枫 配音）、活泼开朗的丰口乃音（大西沙织 配音），神无希和这些个性迥异但善良可爱的女孩子们在一起生活学习，彼此之间即为同伴亦是对手。在清澈的水面之上，充满了热血和激情的青春之曲正在奏响。
建文等人为了救出七里，决定前往阿夏号，在阿夏号上遇到了女海盗七杀的刁难，艰难险阻之下救下了七里，但七里却因为自身背负的家族命运无法与建文离开，正当建文踟躇之时，燕王登基消息传来，又恰逢海藏珠现世，阿夏号上要召开比武大会；建文为了报仇，便下定决心要获得海藏珠的力量，开始苦练准备起比武大会。此时阴阳师等人复活邪神的阴谋也陆续浮出水面，建文在阿夏号上与阴阳师等人斗智斗勇。另一方面，骑鲸商团铜雀的到来，给七杀带来了新的消息，建文也许便是解开这一系列阴谋的“命定之人”，建文等人的故事又将走向何方呢？
