遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。 为了不面临灭绝，人们都在AI的管理下度日──。
所谓勇者，是世间最为残酷的刑罚。犯下大罪之人被制造为“勇者”，其刑罚便是和魔王战斗。哪怕死了也会被复活起来，无法享受死亡的安宁。被判处勇者刑的前圣骑士团团长赛罗·弗巴茨，率领着由各种性格古怪之人构成的刑罚勇者部队，奔走于战斗的最前线。在残酷的战场上，赛罗与最强的生物兵器之一，剑之“女神”缇欧丽塔相遇了。“在将敌人歼灭之后，要为我献上赞赏……以及抚摸我的头。”为了活下来，以及报复陷害自己的人——赛罗与“女神”订下契约，在这令人绝望的世界中，投身于炽烈的斗争与阴谋的漩涡。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
