故事发生在洋溢着青春气息的神奈川高中内，祇园健次（千叶翔也 配音）是刚刚进入这所学校就读的高一新生，在阴差阳错之下，他结识了名为石清水澄明（安达勇人 配音）的男生。石清水澄明虽然拥有高大壮硕的身材，性格却格外的懦弱胆小，刚进学校没多久就遭到了高年级同学的霸凌，健次身材娇小，但脾气却很爆，多亏了有他的帮助，石清水澄明才勉强脱身，健次也因此得到了加入橄榄球社团的契机，成为了一名橄榄球预备队员。 在球队里，健次结识了很多志同道合的伙伴，最为年长德高望重的赤山濯也（细谷佳正 配音）、整天笑嘻嘻的好好先生八王子睦（逢坂良太 配音）以及拥有丰富的比赛经验，性格十分傲慢的大原野越吾（小野贤章 配音）。
一个是出门不带脑子，智商时常不在服务区的未成年笨蛋女孩，一个是思维能力爆表，有材料就能制造原子弹的冷面技术宅，本身不可能在同一个世界的两人，一个为了摆脱智障的帽子，一个为了不去自己不喜欢的地方居住，破天荒的组合在了一起，为了在高考证明自己而求师的米栗，为了赶走她自己享受清静而各种套路的百曳，两人在各种争执中反而向另一种方向发展开来？
漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——
