故事发生在科技飞速发展的未来世界，彼时，人工智能机器人早已经不是罕见之物，正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后，十八岁的青年水柿司（内匠靖明 配音）在父母的帮助下来到了SAI社工作，SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。 水柿司被安排到了终端部门工作，来到办公室后水柿司才发现，这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里，水柿司结识了名为艾拉（雨宫天 配音）的少女，她其实正是一名机器人，艾拉外表冷漠不善言其，却有着意外可爱的一面。就这样，水柿司和艾拉成为了工作中的搭档，两人之间渐渐产生了真挚的友谊。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
