日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
整个宇宙分为域内宇宙和域外宇宙，两个宇宙彼此为敌，域外宇宙由天魔统治，域内宇宙分为神界，仙界，凡间。 在宇宙中，像天罚大陆这样的凡间位面，数不胜数，其统称为：九天星域。九天星域中，九大仙帝统领九重之中所有星域。九天之上，乃炼仙神域，仙人最终化神之路，必要通过炼仙神域，方能凝聚神格，成为神，到达神界。神界万族林立，各族之神极为强大。在遥远的过去，神界万族，被始源至尊、混沌至尊，还有鸿蒙至尊统领。三大至尊，三足鼎立，统管神界、九天仙界。 鸿蒙神界之主鸿蒙至尊，身份尊贵，属下众多，为神界最强之人，精通天下万术。彼
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
