東京郊外にある街。 その街の小高い丘の上に、小さな公園があった。 そこでいつも一緒に遊んでいた小さい頃からの仲良し６人組。 しかし４年生の時に、それぞれが転校する事になってしまった。 ６人は転校前に「タイムカプセルを埋める約束」をするものの、 結局その約束を叶える事が出来ないまま離ればなれになってしまう。 そして４年後、成長してそれぞれの日常を送っていた。 それぞれに悩みや不安を抱えて、日々を過ごしていたある日 そんな彼女等にある奇跡が起こる・・・・・
《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
