打倒“妖神颂五力”的三年后，马场柠檬已经是国中生。某日，阿拉拉城空中突然出现了巨大奇怪物体…
浩瀚宇宙，人类对维度的认识还很有限，在人类已知的维度之外还存在着其他高级维度世界。在质维里，暗维阵营想要侵占更多的维度空间扩大领地，而光维则守护着其他维度与他们战斗着。在他们最后的战场地球上，光维将自己和暗维一起降维成平面。两个阵营的维灵也留在了地球。只有少数拥有解封维度力量的人类，可以将维灵从平面变回立体。他们被称之为“维将”。
当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
