故事发生在和平宁静的空美町，平凡的少年樱井智树（保志总一朗 配音）过着独居的生活。每晚，智树都会梦见有天使从天而降，虽然被梦境所困扰，但智树的每一天依然能称得上是风平浪静。某一日，名叫伊卡洛斯（早见沙织 配音）的不明生物降落到了智树的身边，有着一张可爱面孔的她，后背上却长着硕大的羽翼。难道梦境中的一切变为现实了？ 善良的智树收留了伊卡洛斯，他的温柔和陈恳打动了这位本该无情的天使。之后，妮姆芙（野水伊织 配音）和阿斯特蕾亚（福原香织 配音）两位天使也被智树感化留在了他的身边。这些天使们从何而来？为何而来？在她们的背后，似乎隐藏了许多不为人知的秘密。
在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。 然而，万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。 最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
