在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
53.满天都是小星星(上) 54.满天都是小星星(下) 55.儿童节的礼物 56.早餐吃什么? 57.超级妈妈好爸爸(上) 58.超级妈妈好爸爸(下) 59.朋友与宠物(上) 60.朋友与宠物(下) 61.没有电的日子 62.健康哥哥的周末 63.听爸爸讲故事(上) 64.听爸爸讲故事(下) 65.音乐是什么? 66.妈妈的吸引力 67.新同学老朋友 68.霸王龙在行动(上) 69.霸王龙在行动(下) 70.赚钱不容易(上) 71.赚钱不容易(下) 72.给牛爷爷一个惊喜 73.离家出走 74.鹦鹉学舌 75.帮妈妈打工 76.游戏的诱惑 77.欢乐国庆节(上) 78.欢乐国庆节(下)
