1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处，总会出现拥有特殊能力的“能力者”……！等待着岩元的各种怪奇事件与“能力者”们。向这些“能力者”递出前往学园的“推荐信”的岩元，其真正的意图究竟是……？怪奇与超自然现象，以及“能力者”的存在——揭开他们时代帷幕的浪漫奇谭，就此开幕！
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
故事讲述生活在日本九州田舍的17岁少女・铃芽遇见了为了寻找“门”而踏上旅途的青年。追随着青年的脚步，铃芽来到了山上一片废墟之地，在这里静静伫立着一扇古老的门，仿佛是坍塌中存留的唯一遗迹。铃芽仿佛被什么吸引了一般，将手伸向了那扇门… 不久之后，日本各地的门开始一扇一扇地打开。据说，开着的门必须关上，否则灾祸将会从门的那一边降临于现世。
