机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
塔利班残酷统治下的阿富汗，平民百姓尤其是女性过着水深火热犹如地狱一般的生活。倔强的小女孩帕瓦娜（莎拉·乔德利 Saara Chaudry 配音）随父亲（Ali Rizvi Badshah 配音）外出挣钱养家，不仅目睹了父亲被昔日的学生辱骂羞辱，更和家人目击了父亲遭到非法逮捕的一幕。家中有病弱的母亲、成年的姐姐以及嗷嗷待哺的弟弟，年幼的帕瓦娜只能剪去秀发，伪装成男孩走出家门，踏上生死未卜的养家之路。在此过程中，她遇到了同样扮成男孩的昔日伙伴，也与一名沉默魁梧的塔利班分子成为朋友。当战争的阴影再度逼近时，帕瓦娜想方设法要找到下落不明的父亲，将他带回家中…… 本片根据黛博拉·艾里斯的同名小说改编。
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
