随着友哈巴赫攻入灵王宫，死神与灭却师展开了最终决战。灵王陨落，现实世界随之崩塌。昔日的宿敌联手突入已发生异变的宫殿，共同迎战威胁万物存续的危机。
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
兵藤一诚（梶裕贵 饰）是学校里出了名的好色男，因此遭到了诸多女生的嫌恶，某日，一位名叫天野夕麻（生天目仁美 配音）的神秘美少女突然出在了一诚的面前，她不仅向一诚告了白，还提出了约会的请求。难道一诚的春天就要这样来临了？ 让一诚没有想到的是，在初次的约会之中，自己竟然被天野夕麻杀死了。原来，夕麻的真实身份是下级堕天使丽娜丽，她接受了教会的命令，专门前来刺杀一诚。就在一诚魂飞魄散之际，学园里的公认校花莉亚丝（日笠阳子 配音）出现在了他的面前，她使用恶魔棋子将一诚复活，并使其成为了自己的眷属。教会刺杀一诚的真实目的究竟是什么呢？一诚又将怎样面对死而复生的人生呢？
你是否想过，在霓虹璀璨的都市之下，潜藏着来自古老神话的怪物？你是否想过，在那高悬于世人头顶的月亮之上，伫立着守望人间的神明？你是否想过，在人潮汹涌的现代城市之中，存在代替神明行走人间的超凡之人？人类统治的社会中，潜伏着无数诡异；在那些无人问津的生命禁区，居住着古老的神明。炽天使米迦勒，冥王哈迪斯，海神波塞冬……而属于大夏的神明，究竟去了何处？在这属于“人”的世界，“神秘”需要被肃清！
经历过千辛万苦，千秋真一（关智一 配音）和野田惠（川澄绫子 配音）终于一个摆脱了恐机症，一个通过了入学考试，二人携手来到了古典音乐的圣地——欧洲。来到欧洲的野田妹对一切感到新鲜，新的环境，新的公寓，而最让野田妹感到开心的事是，终于可以和她最爱的千秋在一起了！可一切却没有野田妹想象的那般好，千秋在国际指挥比赛中大放光彩，得到了各大权威媒体的注意；而野田妹这边，有许多问题需要克服，不通的语言，新学校各类高手，还有千秋的不在身边……这些让野田妹在异国他乡感到孤独和寂寞，而更大的危机是，有天才女钢琴家也喜欢上的千秋，受挫的野田妹在钢琴上也遇到了瓶颈。 本片改编自漫画家二之宫知子的同名漫画，是动画系列的第二弹。
女高中生小叶突然被吸入一个只有年轻男孩子的世界。这个世界被黑暗势力所支配，没有光明。在这里，衣服可以召唤武将、天神等，所以穿戴整齐的小叶成为了这个世界里最强的人，肩负起了找回被黑道夺走的光明的重任，从此开始了在黑暗世界的冒险之旅…
