故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
自称有着大众脸的高中生一条乐（内山昂辉 配音），其实是著名流氓帮派“集英组”头目的独子，他本想过上平凡人的生活，直到一个美少女转校生桐崎千棘（东山奈央 配音）的出现，他们的命运自此向不可预料的方向发展。 这位金发碧眼的混血儿转校生，原来是美国黑帮“蜂巢”老大的千金，为了双方家族能和睦相处，一条乐和千棘必须假装成一对恋人。个性不合的二人，心不甘情不愿地开始了他们的“甜蜜”生活。在打打闹闹的交往中，千棘渐渐喜欢上了一条乐，而一条乐却一直暗恋着同班女生小野寺（花泽香菜 配音），但因为各种原因无法与之心意相通。这对校园三角恋，因为黑帮和警察的介入，越发不受控制……
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
