续集从第二季第14集开始。故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。
1999 年，为了使人进化为“完美的个体”，由NEO（Next Environment Organization）领导并开始实行BESTMAN计划，但是结果是失败了。试验将尊者ヤクスギ进化成了拥有无限再生能力的カンケル（Cancer）。不仅如此，作为整个人类社会的敌人，カンケル的目的就是消灭整个人类，但是首先他就必须要消灭一直保护着人类的共生免疫体——ベターマン（Betterman）。而当时在场的其他几位幸存着则把カンケル存在的消息以一种蛋白质的形式传播出去，并引起人类自毁灭的DNA程式，它所造成的离奇疾病就是アルジャーノン，而这种疾病的目的就是召唤出人类的免役体ベターマン。
距离“天人五衰”企图的消灭国家的计划还剩6天。
高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件…… 以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！
曹焱兵一行因芦花古楼的覆灭被皇甫龙斗领导的天罡龙棋将栽赃嫁祸，全员受到灵域的通缉，在经过“天武街”和“风雷街”时，他们分别遭遇了王国组织的第三骑士红莲与第十骑士凯米拉。其后，曹焱兵为探寻母亲下落，故意被缉拿至由群英殿镇守的死牢“千机黑刹”。而其伙伴们为救曹焱兵，在多方驰援下，各方势力齐聚群英殿，展开了一场精彩绝伦的群英荟萃之战。
小忍是私立忍者学园女忍学科的女学生。忍者学园是一所专门培养忍者的秘密学校，禁止外部人员进出。
小忍在这里以成为出色的正义忍者为目标，日以继夜的修炼，但是对于到底什么是忍者还并不了解。某天，小忍参加了测试忍者实力的考试。从众多的题目中，小忍抽到了偷取女子高中生内衣的挑战。于是，小忍进入了不知火枫的房间。从那天起，小忍就变得非常喜欢枫，一幕轻松有趣的忍者喜剧上演了…
忍是＂私立忍者学园＂忍者学部女忍者学科的学生。这里是立志成为忍者的学生修炼的秘密学校，外人不准入内。某天，忍要参加考试，她从众多试题中选到的是——＂去偷女高中生的小裤裤，其对象正是不知火枫，因为这件事，忍和枫成为了知心朋友。
