这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
三桥晴子的看护对象高泽喜十郎，被寺田卓送去成为由第6世代电脑控制的高性能看护床“Z-001”实验对象。为了救出喜十郎，晴子在骇客老人的帮助下利用喜十郎亡妻高泽春的声音来唤醒喜十郎，电脑却因此产生春的人格而开始失控。
