故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
身患绝症的李阎，机缘巧合之下进入光怪陆离的阎浮世界，凭借着一身硬功夫一步步成为强者。而在行走于一个个阎浮世界的过程中，他也开始发现这个世界真正的秘密。
漫画《中之人基因组【实况中】》宣布了动画化企划进行中的消息，引起轰动的原因不明的连续少年少女失踪事件。《中之人基因组》，在游戏实况者之间成为话题的神秘免费游戏。通称，失踪游戏。据称，在即将通关之际就消失的玩家源源不断。失踪的游戏实况者们被人为地与外界隔离，集合到某座岛上。在那里，他们所接受的命令，是通过必须在现实中通关的各种游戏，来达成一亿的播放数。8名人气实况者所带来的，以能否回归为赌注的真实游戏《中之人基因组》的实况开始了——
彗星社·僧侣档 “请挑选您心仪的学生吧……”在连续加班的教师佐佐木面前出现的，是“罪恶之渊（Guilty Hole）”。 面对着已变成指名板的鞋柜，心想这果然是个梦，便开玩笑地点了一个学生的名字，午夜教室里突然出现的她，一边说着刻薄话，一边羞赧地凝视着我……“马上就完事。别想着能忍过去。”师生之间，禁忌之恋……欢迎来到百无禁忌的“罪恶之渊”——
2008年——神秘势力的出现，
动漫、游戏、漫画、音乐、铁路、cosplay等所有御宅文化都被排除的日本。
周边被收容，宅男被以保护的名义镇压，
人们仿佛失去了自我，毫无疑问。
被负责维持秩序的组织“SSC”蹂躏，宅男以为已经灭亡了——
但是，夺回被封锁的秋叶原后，出现了揭竿而起的人。
年轻的革命者“御宅英雄”——比什么都热爱御宅文化，比谁都热爱秋叶的男人。
还有仰慕他的3个魔法少女——“无政府”、“蓝”、“粉”。
以2011年的日本为舞台，聚集在自由之旗下的宅男们——
秋叶革命军，挑战SSC首领“SHOBON”的壮烈的战斗。
为了这个可以破坏混沌和秩序，尽情地喜欢自己喜欢的东西的世界。
聚集在自由旗帜下的宅男们啊。
夺回被剥夺的文化
掀起OTAKU COUNTER CULTURE !
时空之隙开启，书院众人来到了现代课堂，新课堂新老师新朋友，可爱的小伙伴们又会产生什么样有趣的故事呢？航天知识的小剧场即将开讲啦！敲黑板！记得认真听课，科学小记者们还有很多小知识要传授给大家哦！！
