《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一直想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱。在牢狱里，天那斯遇上了三妖后。一座石油钻机，于海中央发生了爆炸事故，导致石油泄漏，魔法仙子被要求协助停止这场可怕的环境污染。蓝天想要将一条象征幸福未来的项链送给蕾儿，寓意未来在一起的日子会幸福快乐，但是他在拯救石……
