遠き過去。とある惑星にて文明を築きし「ゼノ・パレス」は、その文明の発展ゆえに自らの母なる惑星を壊し、自分たちの生き残る道を宇宙へと求めた。彼らは自分たちの遺伝情報を移民戦艦に封印。一部の選ばれた民が船を動かすために動き、他の民は彼らに希望を託して永い眠りにつく。 選ばれた民である移民船の乗組員たちの目的はただ一つ。宇宙のどこかにあるという、彼らを受け入れし「約束の星・テーラ」を探し出すこと。そしてテーラへの移民だった。 そして、ついにテーラは見つかる。しかしそこには独自の進化を遂げた初期段階文明の人間たちがいた。この事実に「ゼノ・パレス」は真っ二つに分かれる。一つは初期文明の人間を抹殺もしくは支配して移民をすぐさま完成させようとする強硬派。もう一方は長い年月をかけた話し合いによって現地文明と歩み寄り解決を見出そうとする穏健派だった。 二者の争いは戦争にまで発展。しかし争いに長ける事の無い穏健派は全く逆の強硬派に押されていく。そして穏健派は滅びの寸前に最後の手段を強行した。それは自らの持つ三体の「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれるロボットとそれを格納する戦艦をテーラに飛ばし、原住民に託して強硬派と戦わせることだった。 流れる星となってテーラに落ちる「ゼノンズ・ガーディアン」は、その星で「日本」と呼ばれる国の蝦夷地、江戸、薩摩と呼ばれる土地に落ちた。そして、ロボットと戦艦はその地に生きる原住民たちの手によって地中深くへと封印されたのである。それが江戸時代のことであった。 そして時は流れて現在。ついに準備を整えた「ゼノ・パレス」は地球侵略の狼煙を上げる。テーラと呼ばれし星・地球が危機に陥ったとき、北海道、東京、鹿児島のそれぞれの土地から、その命運をかけて希望の光が飛び立つ！
全作故事以莉莉安女子学园的传统为主轴，身为一年级新生的主角 福泽佑巳遇上了二年级的 小笠原祥子，两人在经历重重障碍后成为「姊妹」的关系。故事就围绕著学生会「山百合会」中的朋友和同学们展开。 而第四季的动画内容将紧接著第三季的结尾往后发展，也将忠於原作故事，另外，也确定了第二季的动画 DVD 将在 2009 年 2 月 25 日发售。 新加入的声优包括了 井上麻里奈、川澄绫子和 小山力也，分别饰演作品中的「内藤笙子」、「细川夕子」以及细川可南子的父亲。而原本就已有出演 鸟居江利子的声优 天生目仁美，也将担任新角有马菜菜的配音。
薄暮时分，江户城下，百物成妖，千妖成群。长崎屋少爷从小体弱多病，某日溜出门走夜路回家，不意撞上杀人凶手，卷入凶案，少爷当如何躲过劫难，妖怪们能否助少爷一臂之力，揭开案件真相……
