东方桃子是一名平凡而普通的小女生。一天放学后，她无意中获得一本神奇的花语星卡笔记，通过这本笔记,桃子发现了世间存在一种诞生于自然界的精灵。这些精灵呈兽形或者人形，拥有强大的自然力量，不加以控制会给我们的生活制造出很多麻烦。但是有一种人，能够与精灵沟通，并使用星卡收服精灵，控制和使用它们的力量，我们称之为星卡师。为了解决黑化精灵们造成的麻烦，东方桃子通过努力学会净化精灵的力量，成为了星卡师的一员。并得知自己身负花语公主血脉力量，拥有净化黑化精灵，拯救精灵的重要使命！在收服和了解精灵的过程中，她还收获了两个伙伴——欧阳雪和严诺一，她们一起面对危险与磨难，学会了勇敢、坚守、宽容和爱，成长为自信而美丽的星卡师，守护着大家。
“夏亚的反叛”的第二次新吉翁战争12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105），一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织开始以暗杀政府高官的方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。虽被展现奇异力量的少女琪琪·安达露西亚言语捉弄，但哈萨维仍为实现马夫蒂的目标而步步推进。与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察机构汉德利·约克桑的密约提议。在哈萨维与肯尼斯各自为实现目标而行动时，琪琪亦为履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
击败青城晋级决赛的乌野，白鸟泽成为他们的下一个对手。
东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。 迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。 如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。 动荡的第3学期即将拉开帷幕！
