一场车祸夺走了34岁无业家里蹲男青年的生命，当他再度苏醒之后，震惊的发现自己竟然穿越到了异世界中，附身在了一位名为鲁迪乌斯（内山夕实 配音）的贵族少爷身上。面对这命运之神给予他的重新来过的机会，男子发誓这一世一定要拿出点真本事来认真的生活。然而，尽管鲁迪乌斯有着这般宏达的决心，但废柴大叔的本性却还是屡屡暴露。 沉默寡言的三无魔法师洛琪希（小原好美 配音），个性软弱，因此想要学习魔法来自我保护的希露菲叶特（茅野爱衣 配音），个性暴躁但体能超强的艾莉丝（加隈亚衣 配音），和鲁迪乌斯一起在异世界里生活的，是这些可爱的女孩们。
选徒仪式前突然造访， 行事神秘的翩翩公子是何身份； 九重死地深处的灵神古墓， 是否真的存留有破碎神格？ 路途坎坷，险象迭生！素不相识的两位少年将如何携手克服重重困难？
这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
鸣宫凑（上村祐翔 配音）从初中起就是参加了学校的弓道部，并且和队员们为了挑战县大赛而做着反复的练习。然而，一场意外的发生让凑在比赛中失误，与头筹擦肩而过，大受打击的凑从此放弃了弓道，怀揣着内疚和自责的情感升上了风舞高中。 和凑一起进入风舞高中的还有他青梅竹马的好友竹早静弥（市川苍 配音）和山之内辽平（铃木崚汰 配音），两人邀请凑加入学校的弓道部，但凑拒绝了。一天放学后，凑在误打误撞之中闯入了夜多之森弓道馆，并且见到了优秀的射箭运动员泷川雅贵（浅沼晋太郎 配音），直到这时，凑终于无法再逃避心灵对靶所产生的渴望。
现代社会之中，校园欺凌事件屡禁不止，成为学校和社会的难题。身材肥胖个性内向的有田春雪（梶裕贵 配音）便是长期欺凌的受害者。性格懦弱的春雪无法反抗欺凌者，唯有躲在网络之后，靠玩躲避球游戏来发泄愤怒。一来二去之间，春雪竟然成为了校园内躲避球游戏得分第一位。 有着“黑雪公主”之称的学生会副会长黑雪姬（三泽纱千香 配音）出现在了春日的面前，黑雪姬不仅制止了对于春雪的欺凌，更邀请他进入了名为“Brain Buster”的方程式，在其中，春日化身成为拥有千倍思考速度的超频连线者，被卷入了激烈的战斗之中。黑雪姬召集春日等人的目的只有一个，那就是重组昔日“黑之王”的军团。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
