在《Fairy gone》世界中，有着能将妖精作为兵器所操使的“妖精兵”存在。而在故事中，距离战争9年后那不稳定的政局，因战争受到伤害展开复仇的恐怖份子因此出现。过去故乡被战争毁灭的主角“玛莉亚诺耶尔”，m.ysgou.cc为了阻止同样在那时候活下来却选择成为复仇者的“维洛妮卡伊”，因此加入了取缔违法妖精机构“Dorothea”...
小树人格鲁特将踏上全新冒险旅程。
个性开朗心底单纯的喜屋武七叶（与那岭里都 配音）、沉着冷静不失温柔但生气起来会非常恐怖的喜屋武七绪（松田瑠华 配音）和拥有着极强灵感应能力的喜屋武心七是感情十分要好的三姐妹，三人同奶奶一起过着相依为命的生活。 一次偶然中，七夜发现了一个神奇的瓶子，并且在误打误撞之中将瓶子打开，外表稚嫩可爱嘴巴却超级毒舌的妮娜（松嵜丽 配音）、大大咧咧傻乎乎却惹人怜爱的拉娜（井之上奈奈 配音）和沉默寡言面无表情的卡娜（东城日沙子 配音）三个被封印已久的精灵出现了。就这样，喜屋武家多了三名家庭成员，平静的日常生活也离三姐妹越来越远。
又回去魔女幼稚园的小花，为了和升上六年级的DoReMi等人一起上学，使用魔法把自己变成一位12岁女孩。但因为魔法冲击太大导致她的水晶球无法承受而全数粉碎，不过也成功的到了人类世界，并转学到美空小学六年一班，和DoReMi与小桃子同班。因为失去了原来的水晶球，为了让小花再度成为魔女，因此就需要参加魔法升级考试，而DoReMi五人则继续以见习魔女身份从旁指导小花，如果小花通过一级考试，则她们同时也会正式恢复魔女身分。故女王凿下了自己水晶球的一部分，分成5颗水晶球给DoReMi等人。最终，在大家的努力下，经过重重磨难，小花重新成为魔女，而DoReMi等人也小学毕业，向着自己的梦想前进着。
拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，连整个世界都被他们分解重组。面目全非的地球上，分解者站于食物链的顶端。“他”本该是其中之一，却选择了对抗，以最强分解者为目标，试图让世界回归原状，只为有机会能与所爱之人再次相拥。 上一季结尾，崛起者哈登、老K等人齐心协力击退了统治赫墨拉塔城的白昼女王。身体被分解的凯伦与TuP的克里曼均被情报贩子尼克带走，第一空间只留下艾琳和赫墨拉的女儿艾咪两人相依为命……而在第二空间，众多势力云集，那里又将掀起一场新的血雨腥风。
娆疆一行归来，李嗣源已称监国，借天子之名四处绞杀不良人，而身为天子的李星云也即将面临一个新的选择……
