藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
故事时间为战国时代，世上具有各种魑魅魍魉、异形妖怪等等总称为「暗」的存在。喜欢人类的暗·妖狐小玉，以及厌恶人类的仙道·迅火，姊弟两人进行著扫荡罪恶的救世活动。另外还有一群专门对付暗的僧侣·断怪众，他们以不人道的方式进行人体改造，迅火等人与他们产生激烈冲突！人类当中也有坏人，非人类的存在也不见得都是邪恶的，迅火因过去的事而极其讨厌人类，但在旅程当中，也逐渐目睹到人类善良的一面，他是否能有所转变呢……
西宁少年陈长生身患奇症活不过二十岁，为寻改命之法，前往神都参加大朝试，却因与真凤徐有容的一纸婚约，遭受打压，被流放进废弃的国教学院。陈长生凭借三千道藏，开启修行逆袭之旅，青藤宴废天海牙儿，未央宫胜神国七律，更是与伙伴唐三十六、落落、轩辕破奋战大朝试，夺得首榜首名，却得知改命之法难如登天。陷入迷茫的陈长生，在天书陵见证一代传奇荀梅陨落，激励他继续前行，在周园与魔族的战斗中，遇见乔装而来的徐有容，二人一路生死相依，联手挫败魔族阴谋，彼此相爱，却因周园崩塌分离。
生化战士面临空前危机,这次他们不仅坠入一连串阴谋与诡计的黑暗之网中,还要面对伙伴背叛的考验,而新登场的敌人更是无比棘手。充满冒险动作的全新故事,华丽炫目的计算机动画场景,将带您再次进入最精彩刺激的生化战士世界。为了建立未来的新家园,六位生化战士必须返回美特吕完成最后的任务,但他们却发现这座昔日繁荣的城市已经笼罩在黑暗之中,空中有千丝万缕的蜘蛛网,成千上万的蜘蛛兽大军在城市中到处横行。当他们正准备对抗蜘蛛兽时,却遭到毒液攻击,并且变身为野兽般的模样,若不实时解毒,将永远变成邪恶的神魔战士。这时他们不仅要对抗蜘蛛兽大军,还要设法拯救被黑暗力量控制的村民,面对重重险恶,高贵的战士们还能坚持"团结,使命,责任"的信念吗?身怀绝技的战士挺身对抗身藏剧毒的敌人,经历这场严酷的考验之后,这些伟大的生化战士将再次开创一页全新的传奇,让他们的英名永远流传。
