夏乃花火是一名十五岁的高中女生，为了上学，花火回到了童年时代曾经居住过的小镇，记忆中十分广袤的小镇在已经长大了的花火看来是这样的狭小和局促，怀揣着内心复杂的感情，花火来到了名为“立花馆”的宿舍，立花馆的破烂不堪让花火感到震惊，抱着“只住一个月就马上搬走”的念头，花火成为了立花馆里的一名住客。 花火曾经青梅竹马的玩伴藤原好美、外表冷酷让人无法接近内心却意外的单纯没有心机的篁伊织、个性大大咧咧总喜欢趁机对花火上下其手的性感大姐姐月城优，花火很快就和居住在立花馆里的这些住户们打成了一片。
水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
