在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。 拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。
人类小女孩可可偶然穿越来到了月球一个叫做梦月乐园的地方。在这里，她结识了一群活泼可爱、个性迥异的梦月精灵，并在国王的请求下当了梦月精灵们的精灵导师，赋予魔法，教导小精灵们学习和成长，承担起解除危机拯救梦月乐园的重任。在可可的领导下，小精灵们懂得了许多道理，也学会了许多技巧和道理，在轻松、愉快的气氛中，可可、艾梦等小精灵一起成长，成为了朋友。 随着时间的推移，秘宝一件件被找到，传说中的危机也将渐渐浮出水面，或许有一天，可可和艾梦会面临更大的挑战，那时，她们将勇敢、坚强上网带领梦月精灵们共同守护梦月乐园。 该片以唯美的画面、细腻的感情，被称赞颇具日本动画名人宫崎骏的风范。该动画找到科幻和现实的对接点、共同点，用较为娱乐、轻松、活泼的方式演绎科幻的魅力。
1979年电视动画《机动战士高达》总集篇剧场版三部曲的第一部。
