时间是2045年，故事的舞台是日本制造的太空站“安心”，在月球出生的少年“登矢”和儿时玩伴“心叶”为了移居地球而在太空站进行复健，但他们却和首次到宇宙旅行的地球孩子“大洋”、“美衣奈”、“博士”一同被卷入了太空站与彗星的冲撞事故。在与大人们隔绝，网络也被切断的封闭空间中，时而冲突、时而互助的孩子们，必须共同面对减压、EVA（宇宙游泳）、微型机械失控等种种困难。
高中生佐藤和真（福岛润 配音）喜爱一切和二次元相关的东西，是一名典型的宅男家里蹲，却在百年难得一遇的外出日里遭遇了交通事故不幸命丧黄泉。让佐藤没有想到的是，自己竟然和本应该引导自己投胎转世的女神阿克亚（雨宫天 配音）一同穿越来到了异世界阿克塞尔城，在这里，他们必须依靠自 己的双手创造财富，如此才能够生存下去。 个性火爆的可爱魔法师惠惠（高桥李依 配音）、属性奇怪的千金大小姐达克尼斯（茅野爱衣 配音）、盗贼克丽丝（诹访彩花 配音）、经营着魔道具小店却毫无经商头脑的维兹（堀江由衣 配音），在曾经的世界里一个朋友都没有的佐藤，在这里获得了珍贵的友谊。
全新《三国杀》大奖挑战赛横空出世，因人陷害禁赛两年的天才选手郭小野再度挑战巅峰。为了证明自己找回初心，和自己的本命武将郭嘉过关斩将，却在比赛中发现了骇人阴谋——游戏中的伤害竟然能传递给现实中的玩家！
頼瀬学園の柴門たまきは、今日もある人物を探していた。彼女がマネージャーをつとめる「キックボクシング同好会」の唯一の選手であり幼なじみの織屋浪馬。才能も実力もあるのだが、同好会になかなか顔の出さない幼なじみに練習させるのがたまきの日常。そしてそれから逃げるのが浪馬の日常。でも、今回の浪馬のサボリには理由があったが、たまきがそれに気付くこともなく、いつもと同じ気持ちで浪馬を探していた。そんな時、紙飛行機を見つけたたまきは何気ない気持ちでそれを取ろうする。そしてそこで、不思議な雰囲気を持つ少年に出会う。少年の名はシュン。彼との出会いが二人の日常に色を与えていく。それはかけがえの無い日常、青春と呼ばれる宝物のような時間の始まりだった。 アニメオリジナルのキャラクター・"シュン"を通して少女たちの切ない想いをより鮮明に描き出す。美少女ゲームファン待望の門井亜矢が描く魅力的なキャラクターたち。"青春"と"時の流れ"をテーマに織りなすもうひとつの「下級生２」の世界。今、切ない青春純愛ストーリーが始まります。 この秋、話題のテレビアニメ「下級生２～瞳の中の少女たち～」から目が離せない。
